Neustálé rozpory mezi stoupenci náboženské reformace a katolické církve přerostly na počátku 17. století v ozbrojený střet. Porážka českého stavovského vojska v bitvě na Bílé hoře vyvolala vleklý válečný konflikt, který sužoval střední Evropu dalších osmadvacet let. Do bojů se postupně zapojily téměř všechny tehdejší evropské státy. Ušetřena nezůstala ani města a obce ve Slezsku.
Je pozoruhodné, že zatímco husitství si ve Slezsku nezískalo přílišné sympatie, tak protestantismus zde zakořenil velmi rychle a hluboce. Augustiniánský mnich Martin Luther zveřejnil svých proslulých 95 kritických tezí v roce 1517 a již o rok později byla ve Vratislavi tiskem vydána jeho kázání. Obyvatelé slezských knížectví se tak brzy začali přiklánět k jeho učení. Díky vynálezu a masovému rozšíření knihtisku se Lutherovy myšlenky, kladoucí důraz na poznání Bible a individuální víru, mohly šířit Evropou doslova rychlostí blesku.
Reformace si své příznivce získávala zejména ve městech, stranou však nezůstávalo ani venkovské obyvatelstvo. V roce 1523 získala vládu nad Krnovskem knížata z rodu Hohenzollernů. Ta na svém novém panství záhy zavedla ostrou proreformační politiku, jejíž součástí byly dokonce nucené konverze k protestantismu pod pohrůžkou vyhnání ze země. V témže roce byla ve Vratislavi zahájena pravidelná protestanská kázání. Nedlouho poté protestanti ovládli další slezská města a postupně také významné fary na Opavsku i Krnovsku, takže vliv katolické církve v těchto oblastech po celé 16. století postupně slábl. Řada slezských knížat se k Lutherově náboženské reformaci připojila také z pragmatičtějších důvodů, neboť přirozeně sympatizovali s myšlenkou omezení politické moci církve a odejmutí církevního majetku.
Od roku 1555 byl ve Slezsku, stejně jako na dalších územích tehdejší Svaté říše římské, dodržován výsledek augšpurského míru, podle něhož se náboženská víra obyvatel řídila vůlí majitele panství. Tato zásada ovlivnila stejnou měrou protestanty žijící na katolických panstvích i katolíky na protestantských územích. České země byly již od konce husitských válek označovány jako „království dvojího lidu“ a názorové rozepře obou stran zde postupem času přerostly v otevřený konflikt. Císař Rudolf II. vydal roku 1609 pod tlakem českých stavů tzv. Majestát, tedy oficiální listinu zajišťující šlechtě, městům i poddaným na území Českého království náboženskou svobodu. O necelý měsíc později vydal totožný dokument také pro Slezsko, čímž byla pozice zdejších protestantů významně posílena. Situace se však zdramatizovala poté, co na český trůn usedl po bezdětném Rudolfovi a jeho bratru Matyášovi nový panovník Ferdinand II. Štýrský. Ten zastával nekompromisně katolický postoj a prosazoval posílení centrální panovnické moci na úkor stavovské obce. Vyhrocení sporu na sebe nenechalo dlouho čekat – pomyslnou rozbuškou se stala pražská defenestrace.
Povstání českých protestantských stavů proti představitelům královské moci rozpoutalo třicetiletou válku, která přímo či nepřímo postihla celý evropský kontinent včetně Slezska. Ostatně právě slezské stavy neváhaly a na základě obranné dohody z roku 1609 se neprodleně připojily na stranu českých povstalců. Do čela slezského protestantského vojska se postavil příslušník rodu Hohenzollernů Jan Jiří Krnovský.
Na generálním sněmu zemí Koruny české koncem roku 1619 rozhodli slezští stavové spolu se zástupci dalších zemí, že České království se změní na konfederaci. V jejím čele měl napříště stát volený panovník, jehož pravomoci byly výrazně omezeny právě ve prospěch stavů. Novým králem namísto Ferdinanda II., který byl rozhodnutím sněmu sesazen, se stal třiadvacetiletý kurfiřt Fridrich Falcký. K protihabsburskému táboru se následně připojili také zástupci nekatolických Uher. V bitvě na Bílé hoře 8. listopadu 1620 ovšem bylo české stavovské vojsko poraženo. Fridrich Falcký následně uprchl do Vratislavi, kde našel na krátký čas azyl. Znepřátelené strany zahájily vyjednávání, které však pro Fridricha nedopadlo příznivě, takže ještě v roce 1620 musel Slezsko opustit. Výsledem jednání byl tzv. drážďanský akord, smlouva, kterou se slezští stavové vzdali dalšího odporu proti Habsburkům. Výměnou za to nebyli za účast na povstání potrestáni (na rozdíl od zástupců Čech a Moravy) a získali od Ferdinanda II. povolení svobody náboženského vyznání v podobném rozsahu, jaký dříve zaručoval Rudolfův majestát. Posledním, kdo osamoceně pokračoval v boji proti Habsburkům, byl krnovský kníže Jan Jiří. Ten byl donucen zanechat svého odporu teprve poté, co jej v roce 1622 opustil jeho hlavní spojenec sedmihradský kníže Gábor Bethlen. Vojenské posádky Jana Jiřího byly následně ze Slezska vypuzeny, krnovské knížectví mu bylo císařem zkonfiskováno a on sám se uchýlil do hornouherského města Levoča (dnes na Slovensku), kde jako nemajetný zemřel v roce 1624.
Přímé boje třicetileté války zasáhly slezské území poprvé až v letech 1626–1627. Tehdy vyplenily řadu slezských měst vojska protihabsburského vojevůdce Petra Ernsta Mansfelda. Ani Hlučín tomuto osudu neunikl, když k němu v září 1626 přitáhly od Bohumína dánské jednotky. Hlučínský rychtář byl nelidsky zbit, protože nenechal snést z Opavské brány dvě malá děla. Nakonec je sundali vojáci a odvezli s sebou do Opavy, která se pak na necelý rok stala střediskem dánských aktivit v regionu. Teprve 29. července 1627 zdejší posádka kapitulovala před císařským vojskem Albrechta z Valdštejna. Rozsah škod si lze představit na základě porovnání počtů hospodářských zvířat. Před válkou bylo ve městě napočítáno 177 koní, 452 kusů rohatého dobytka a 1102 ovcí. Naproti tomu po dánském vpádu zde zůstalo jen 64 koní, 160 kusů rohatého dobytka a 24 ovcí.
Druhá vlna válečných operací postihla Slezsko v roce 1632, kdy zemi zpustošila vojska dalších států zapojených do protihabsburské koalice – tentokrát Braniborska, Saska a Švédska. Na jejich stranu se přidala i některá slezská knížata a rovněž město Vratislav. Ozbrojený odpor byl opět zlomen díky vojenským schopnostem Albrechta z Valdštejna, jemuž se podařilo dobýt slezská knížectví zpět.
Valdštejnovo zavraždění v Chebu roku 1634 podnítilo novou akci habsburských protivníků. Ofenziva realizovaná pod ochranou saského kurfiřta a za podpory braniborských a švédských jednotek trvala až do konce května 1635. Během této válečné etapy Hlučín lehl popelem. Byl to již druhý požár během krátké doby, neboť město nešťastnou náhodou vyhořelo již v roce 1616.
Saský kurfiřt Jan Jiří nakonec výměnou za zisk Horní a Dolní Lužice uzavřel s císařem Ferdinandem mír. Pro Slezsko znamenaly podmínky tohoto míru výraznou změnu: dosavadní náboženská tolerance podle principů zmíněného drážďanského akordu byla napříště zaručena jen městu Vratislavi, lehnickému, březskému a olešnickému knížectví. Na zbývajících teritoriích se museli protestanti podvolit císaři, a to buď přestoupením na katolickou víru, nebo opuštěním země ve lhůtě tří let.
Nejkrutěji bylo Slezsko postiženo během poslední etapy třicetileté války, když v roce 1639 vpadli do země Švédové. Tehdy se jim podařilo získat značnou část slezského území, kde dokonce na krátký čas v plné míře obnovili protestantismus. V letech 1640–1641 se sice císařským jednotkám podařilo téměř všechny švédské vojáky ze země vytlačit, ale situace se obrátila již o rok později, když Švédové dobyli některá města zpět. Švédskými útoky byla opakovaně ohrožována také Opava. Krátce ji obsadil např. generál Lennart Torstenson během svého tažení na Olomouc roku 1642. V roce 1645 již město zůstalo i díky přítomnosti císařských oddílů uchráněno; švédská armáda si však tehdy podrobila řadu jiných sídel včetně severomoravského Fulneku, slezských Oder, Hlubčic a Krnova. Hlučín byl tehdy opět kompletně vypálen. Ve vnitřním městě shořelo všech 55 domů a za hradbami dalších 24 stavení. Spáleniště muselo vypadat hrozivě, neboť jedinými kamennými stavbami byly v té době kromě hradeb pouze zámek a kostel.
Celoevropské válečné operace ukončil až roku 1648 vestfálský mír uzavřený ve městech Münster a Osnabrück. Třicetiletá válka přinesla nezměrné ztráty na životech a celkové zpustošení země. Odhaduje se, že ve Slezsku poklesl počet obyvatel o třetinu. Těžce poškozena byla řada měst, stovky vesnic a zámků. Hlučín vyhořel celkem dvakrát. Některé domy pak již nebyly obnoveny a z pustých parcel se staly ulice (např. ulička z náměstí ke kostelu).
Zatímco v Čechách se po skončení války stala jediným povoleným vyznáním katolická víra a protestanté čelili systematickému pronásledování, v některých slezských knížectvích umožnila ujednání vestfálského míru zřízení nových evangelických svatyní náhradou za rekatolizované nebo zničené chrámy. Novostavby, přiléhavě označované jako „mírové kostely“, byly v průběhu padesátých let 17. století zbudovány v Hlohově, Javoru a Svídnici. Postavení evangelíků ve Slezsku se dále zlepšilo v roce 1707, když panovník umožnil výstavbu několika tzv. milostivých kostelů. Jedním z nich byl také milostivý kostel Ježíše Krista zbudovaný v letech 1710–1722 v Těšíně.
Výrazné úspěchy si ovšem připsala i katolická strana. Již na samém počátku válečného konfliktu v roce 1621 získal řád německých rytířů od císaře konfiskované panství Bruntál, které se později stalo hlavní majetkovou základnou tohoto řádu. V pobělohorském období došlo také k posílení vlivu některých řádů, zejména jezuitů, kteří od roku 1625 začali v rámci rekatolizace působit v Opavě. V Bruntále a v Bílé Vodě rozvíjel svou činnost školský řád piaristů.
V důsledku třicetileté války rovněž dramaticky poklesl počet venkovského obyvatelstva. Mnohé vesnice byly vylidněny a hrozilo, že pole zůstanou neobdělána a válečnými útrapami již tak dost zbědovaní lidé začnou hladovět. Celospolečenská frustrace brzy našla ventil v obviňování vybraných žen (často lidových léčitelek, porodních bab či osob z okraje společnosti) z čarodějnictví. Ačkoliv se v té době jednalo o bezmála celoevropský fenomén, z hlediska množství procesů se neblaze proslavilo právě Slezsko. Jen na Bruntálsku a v niském knížectví bylo tehdy upáleno přes 200 osob.
Málokterá postava českých dějin budila tolik vášní a kontroverzí jako Karel z Lichtenštejna. Jelikož historický výklad vždy podléhal ideologiím a aktuálním politickým potřebám, provázely hodnocení této významné osobnosti velmi často negativní emoce. Jeho úloha však rozhodně není černobílá.
Karel z Lichtenštejna se narodil v protestantské rodině a sám se v první polovině svého života k tomuto vyznání hlásil. Teprve ve třiceti letech přestoupil na katolickou víru, aby si otevřel cestu k možnosti uplatnění v zemské politice. Výhodným sňatkem rovněž vyženil značné majetky, což jej učinilo jedním z nejbohatších a nejvlivnějších aristokratů na Moravě. Rychlý kariérní postup na sebe nenechal dlouho čekat. Stal se moravským zemským hejtmanem, což byl v této zemi nejvyšší úřad. Během sporu císaře Rudolfa II. s bratrem Matyášem v roce 1608 se přiklonil na stranu Matyáše. Ten nakonec vyšel z konfliktu vítězně a povýšil Karla z Lichtenštejna do knížecího stavu jako vůbec prvního šlechtice v českých zemích. Protože Karel Matyášovi půjčil vysoký finanční obnos, získal od něj v roce 1613 do držení opavské knížectví. O deset let později získal ještě krnovské knížectví, čímž založil rozsáhlou rodovou základnu ve Slezsku.
Opavský kníže Karel z Lichtenštejna (Wikipedie)
Klíčovu úlohu sehrál Karel z Lichtenštejna po bitvě na Bílé hoře. Tehdy byl jmenován předsedou mimořádného tribunálu, který měl potrestat poražené povstalce. Vědom si své nezáviděníhodné pozice se několikrát pokoušel na tuto funkci rezignovat, ale marně. V mnoha případech pak alespoň prosazoval mírný přístup vůči protestantským aristokratům. Exemplární popravě 27 vůdců povstání na pražském Staroměstském náměstí ovšem nezabránil, což zásadně ovlivnilo jeho pozdější negativní hodnocení.
Za svou věrnost a pomoc při potlačení stavovského povstání získal od císaře Ferdinanda II. Řád zlatého rouna a v roce 1622 se stal českým místokrálem. Jako kompenzaci za mnohé půjčky získal řadu statků, které byly konfiskovány poražené protestantské šlechtě. Mezi ně patřilo také krnovské knížectví zabavené jednomu z hlavních vůdců povstání ve Slezsku Janu Jiřímu Hohenzollernskému. V roce 1623 tak bylo kdysi jednotné Opavsko a Krnovsko opětovně sjednoceno v rukou jediného zeměpána. K těmto rodovým državám, které Lichtenštejnové vlastnili až do rozpadu rakousko-uherské monarchie v roce 1918, na kratší čas přibylo také knížectví těšínské, které v roce 1625 získal Karlův bratr Gundakar. Znaky obou knížectví jsou dodnes přítomny v lichtenštejnském erbu, stejně jako tituly opavského a krnovského knížete, které dodnes používá hlava Lichtenštejnského knížectví.
Červenobílý erb je znakem Opavska a zlatý lesní roh na modrém poli náleží Krnovsku
Přestože si Karel z Lichtenštejna počínal vůči poraženým relativně vstřícně, pozdějšími českými historiky byl zpodobněn jako zcela negativní figura. Mimo jiné k tomu přispěla jeho aktivita v mincovním konsorciu, které znehodnotilo českou měnu a zapříčinilo státní bankrot v roce 1623.
Karel z Lichtenštejna si přál být pochován v Opavě. Ve své poslední vůli proto věnoval značnou sumu na opravu kostela Nanebevzetí Panny Marie a zbudování svého náhrobníku. Když ale v roce 1627 zemřel, bylo město právě obsazeno dánskou armádou, takže musel být pochován v rodovém sídle Valticích. Opavští měšťané rozhodli na Lichtenštejnovu památku zhotovit alespoň epitaf. Ten byl v kněžišti kostela Nanebevzetí Panny Marie instalován teprve v roce 1765, tedy bezmála sto čtyřicet let po jeho smrti.
Karel z Lichtenštejna byl mimořádně vzdělaný. V mládí studoval na několika západních univerzitách. Miloval výtvarné umění a vybudoval základ rozsáhlých lichtenštejnských rodových sbírek. Měl mimořádný politický rozhled a v rozhodujících okamžicích dokázal vždy stát na vítězné straně. Díky této obratnosti zmnohonásobil rodové majetky a získal nebývalé pocty, jaké se nepodařilo obdržet žádnému z jeho předchůdců.